在《星际清洁计划》中，玩家将扮演国际联合太空星系清洁舰队的负责人。任务是前往太阳系外的开普勒62星系，在星际空间中清理和净化长期存在的太空垃圾和星球上的特殊污染。在合适的环境下获取清洁的能源，建造净化设备，并在途中恢复受损的星际生态系统。在游戏进程中，玩家可以选择两种不同的方式来解决问题。一种是采用温和手段解决当前和未来的问题，另一种是通过激进方式以最小的时间损失消除威胁和隐患。玩家可以利用手头的资源和技术中心提供的帮助，选择最佳的解决方案。