疫病等级是在多细胞难度下所新增的一个机制，对玩家后续的战斗有着较大的影响，玩家可以在血槽上方的黄槽查看当前的疫病等级。疫病等级一共有十格，随着它的逐渐提升，后续的战斗难度也会变大。在疫病等级达到三格后，玩家的视线内每隔一段时间都会随机生成怪物，需要时刻保持警惕，否则就会受到攻击。

在疫病等级达到五格之后，场景中的部分小怪就会发生变异，攻击力和防御力大幅提高。这些变异小怪被视作精英怪，不过击杀不会掉落项链，掉落的细胞数量也不会增加。因此也意味着玩家在面对它们时，不仅要花费更多的精力应对，还无法获得额外的收益，在大部分情况下都会选择不与之正面冲突。在疫病等级达到七格之后，场景中所有怪物的攻击速度都会大幅度提升，翻滚躲避和盾反的难度都会提高，如果提前获得了变异，就很容易在这个阶段去世。在疫病等级达到九格之后，场中所有怪物的伤害都会大幅上升，玩家的容错率将会变得极低，被怪物击中一下就会损失大量生命值。

而当疫病等级满格之后，角色的血量将会迅速掉落，即便不与怪物战斗，也会在后续阵亡，从而导致游戏失败。角色的疫病会随着时间来逐步增加，而且当前地图中所存活的小怪越多，角色疫病增长的速度就越快。在4细胞难度下，场中所有的怪物攻击命中，都会立刻对角色施加1格疫病，山巅城堡中三个钥匙精英怪的攻击更是会直接施加2格疫病，此外在食用某些被感染的食物后，也会令角色的疫病等级提升一格。因此为了减缓疫病的提升速度，玩家就必须要加快自身的通关效率，在没有强力的武器之前可以尽量避免战斗，优先考虑推图的速度。

此外，在战斗过程中击杀怪物，可以短暂停止疫病的提升，并且减少自身一定的疫病值，战胜精英怪可以减少0.5层疫病，击杀BOSS减少五层疫病，每次使用血瓶能减少3格疫病值，吃未感染的食物会降低1格疫病，变异死而复生生效时，会直接清除角色的所有疫病值。实战中玩家除了要注意自身的血量之外，还需要多观察当前的疫病等级，防止在后续阶段因此而死亡。